中心设立22个科室。

办公室8861399，人事科8861370，财务科8861393，流行病预防控制科8861375，皮肤性病预防控制科8861336，健康教育科8861358，预防医学门诊部8861015，计划免疫科8861379，卫生检验监测科8861266，职业病预防控制科8861110，结核病预防控制科8861017，公共卫生科8861311，消毒与病媒生物控制科8861316，地方病与寄生虫病控制科8861372，慢性非传染性疾病预防控制科8861352，体检科8861138、法制与稽查科8861399、信息宣传科8861375、药具药品服务科8861160、公共卫生监督科8861311、职业卫生监督科8861110、医疗服务和传染病防治监督科8861370。